Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) Διοίκηση Επιχειρήσεων και Οργανισμών του Τμήματος Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2019-2020, σύμφωνα με τις διατάξεις της υπ’ αριθμ. 24176 απόφασης της Συγκλήτου του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων (Συν. 1068/27-06-2019, Θέμα 10ο, ΦΕΚ 3067/τ. Β’/31-07-2019), και τις διατάξεις του ν. 4485/2017 (ΦΕΚ 114/τ. Α’/04-08-2017), όπως τροποποιήθηκε με τον ν. 4521/2018 (ΦΕΚ 38/ τ. Α’/ 02-03-2018) περί θεσμικού πλαισίου για τις μεταπτυχιακές σπουδές.

Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) στη Διοίκηση Επιχειρήσεων και Οργανισμών (ΦΕΚ 4457/τ. Β’/9-10-2020) χωρίς να διαθέτει επιμέρους ειδικεύσεις.